实习生旷工三天后离职，公司是否会将此情况写入学校档案，需要从法律依据层面进行分析。目前我国并没有直接针对实习生旷工离职是否记入档案的明确法律法规条文。但《中华人民共和国劳动合同法》第四条规定：“用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。”对于实习生而言，虽然其与公司之间一般不构成劳动关系，但如果公司的规章制度或实习协议中对旷工离职的处理有明确规定，且该规定经过了合理的制定和告知程序，那么公司依据此规定采取相应措施（包括尝试记入档案）就有一定的依据。但由于实习生档案通常由学校管理，公司直接写入档案的可能性较小，更多的是公司可能会将相关情况告知学校，由学校决定是否记入档案。
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实习生旷工三天后离职，可能会面临一些法律风险，以下进行举例说明。1、公司以违反实习协议为由要求赔偿经济损失。如果实习协议中明确约定了实习生提前离职需要提前通知公司，否则需承担违约责任，那么实习生旷工三天后离职的行为可能被公司视为违约，公司可能会依据协议要求实习生赔偿因其离职给公司造成的经济损失，比如公司为实习生安排的培训费用、因实习生突然离职导致工作延误造成的损失等。2、学校依据公司反馈给予纪律处分并记入档案。若公司将实习生旷工离职的情况告知学校，而学校的学生管理规定中明确将此类行为视为违反实习纪律，学校可能会根据规定对实习生给予警告、记过等纪律处分，这些处分是有可能记入学生档案的，对实习生未来的升学、就业等产生不利影响。
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实习生在面对公司不批准离职而选择旷工三天后离职的情况时，有些错误操作可能会加重不良后果，需要避免。1、与公司发生激烈冲突：部分实习生可能会因为公司不批准离职而与公司工作人员发生争吵甚至冲突，这种行为不仅无法解决问题，还可能让公司对实习生产生更负面的印象，增加公司将不良行为告知学校的可能性。2、忽视与学校的沟通：有些实习生认为旷工离职后就与公司和学校无关了，没有及时与学校老师沟通情况。这样学校可能在不知情的情况下，被动地接收公司传递的信息，无法全面了解事情的经过，对实习生不利。如果实习生已经采取了不当的操作，或者对公司和学校的处理感到困惑，建议及时向专业律师咨询，寻求正确的应对方法。
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关于实习生旷工三天后离职，公司是否会往学校档案里写的问题，答案并非绝对。如果或若存在公司与实习生签订了明确的实习协议，且协议中约定了旷工离职等行为会记入档案的条款，同时公司将此协议内容告知了实习生，那么公司可能会依据协议尝试联系学校记入相关情况。如果或若公司的规章制度中明确规定了旷工达到一定天数属于严重违纪行为，且该规章制度已向实习生公示或告知，公司也可能会将此违纪行为记录在案，并在与学校沟通实习情况时提及，存在记入档案的可能性。如果或若公司与学校之间有关于实习生管理的明确合作协议，协议中约定了公司需向学校反馈实习生在实习期间的表现，包括违纪情况，那么公司按照协议约定将旷工离职情况告知学校，学校可能会根据此信息记入档案。

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