公积金与社保由不同公司缴纳，存在以下法律风险：
1、缴费主体与劳动关系不符，社保待遇可能被拒。若员工实际在A公司工作并领薪，但社保由B公司缴纳，发生工伤、医疗报销或申领养老金时，社保局可能因“缴纳主体与劳动关系存疑”拒付待遇。例如员工在A公司受伤，社保局核查发现社保由无实际劳动关系的B公司缴纳，可能认定工伤材料不全，拒赔。
2、公积金贷款申请或因主体问题被拒。部分地区公积金管理中心会核查缴纳主体与社保、劳动关系是否一致。若公积金由C公司缴纳，社保由D公司缴纳且无法说明合理关系，中心可能以“代缴或虚构嫌疑”拒贷。例如员工劳动合同显示用人单位为D公司，但公积金缴存记录为C公司，又无法证明C、D公司存在合法代缴关系，贷款申请将被驳回。
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公积金与社保由不同公司缴纳是可行的，但需符合当地政策。具体分以下情况：
- 若当地政策允许，如部分地区允许用人单位缴社保，员工以灵活就业或通过第三方机构缴公积金，且双方单位均具备合法资质，这种方式合法。
- 单位委托第三方代缴社保或公积金时，需确保第三方有《人力资源服务许可证》等资质，且单位、第三方与员工签订明确代缴协议，避免主体认定纠纷。
- 员工与两家单位存在劳动关系（如非全日制），根据《社会保险法》，职工社保由用人单位缴纳（工伤等），公积金是否可分缴需依当地规定，部分地区允许非全日制用工分缴公积金。
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公积金与社保由不同公司缴纳的合法性，可依据相关法规分析：
《中华人民共和国社会保险法》第五十八条（2018年修正版）规定：“用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。自愿参加社会保险的无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，应当向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。”
《住房公积金管理条例》第十五条（2019年修订版）规定：“单位录用职工的，应当自录用之日起30日内向住房公积金管理中心办理缴存登记，并办理职工住房公积金账户的设立或者转移手续。”
综上，法律未绝对禁止不同主体缴纳，但社保主体应为劳动关系用人单位或灵活就业个人，公积金主体应为录用单位或政策允许的代缴主体。只要符合当地政策及上述法规主体要求，不同公司缴纳是合法的。
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公积金与社保由不同公司缴纳时，以下特殊情况需注意：
1、非全日制用工下的主体差异。根据《社会保险法》，非全日制从业人员可自行缴纳养老和医疗保险，用人单位仅需为其缴纳工伤保险。若员工与A公司存在非全日制劳动关系，A公司缴工伤保险，员工以灵活就业身份缴养老、医保，同时公积金由全日制劳动关系的B公司缴纳，这种情况下，工伤保险与公积金分属不同主体是合法的，但需确保非全日制关系真实，且A公司已依法缴纳工伤保险，否则可能被认定为社保不全。
2、当地政策明确禁止分主体缴纳。部分地区为征管便利及防代缴乱象，规定社保与公积金必须由同一家用人单位缴纳。例如某省联合发文要求“企业职工的五险及公积金，统一由劳动关系用人单位申报缴纳，不得分主体或第三方代缴”。若员工所在地有此类规定，不同公司缴纳将因违反地方政策被认定无效，需整改为同一公司缴纳，否则面临补缴、罚款等处理。

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